新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録)
Show Notes (番組HP):
抱負
イーロン・マスクはH-1Bに賛成
米国PhD持ちにはGC?
バイデンがやってること
J1 の2 years rule waiver
おたより
おたよりフォーム
前回のおたより回
佐野さんの回
小川誠二先生
ベル研究所
あの論文 1 2
松井さん
柳下さん
Neuroでの北沢萩原シンポジウム
吉良さん
Huberman Lab Podcast
Night Science Podcast
George回
Yanai
アメリカでラボを持つことになったYukiさん
千歳さん回
Addgene
Penn vector core の transfer
UNCのvector core
Kimberly Ritola
Adam Hantman
MouseLight
Jayaram Chandrashekar
Armamentarium
Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない
Rafael Yuste
Sydney Brenner
の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき
齋藤さん回 1 2 3
齋藤さんラボHP
2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選
えめさん回
Three photon imaging ventralでもなかった
In vivo透明化 パプリカパウダー
ボイデンラボから
今井ラボから
根本ラボから
JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene
mStayGold 1 2 3 Comparison
StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある
場所細胞のhyperbolic geometry
Torus論文
まささん
microRNAのTarget Sequence
Allenとかで顕著なenhancer AAV
CellReadr, RADAR, RADARS
ITRのプロモーター活性
ミニマルプロモーターの話をした回
CRACM
千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4
バインダー設計、例えば 1 2 3 4
AI Scientist
Waymo
Craniotomy robot
牧野さん回
ポッドキャストも置き換えられるかも
みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇)
アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)
--------
1:37:44
#84 Synthetic developmental biology
University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録)
Show Notes (番組HP):
浜崎ラボHP
博士課程(の後半)での所属ラボ:中島欽一ラボ
日本での所属ラボ:林克彦ラボ (現在は阪大)
日本にいたときの卵子形成転写因子論文
かぐや論文
Parthenogenesisのレビュー
留学先の所属ラボ:Jay Shendureラボ
留学先でのHuman RA-Gastruloid論文
最初にあったマウスGastruloid論文
Matrigel
おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー
JayのGestalt
イベントのレコーディング
シュペーマンのオーガナイザー (pdf)
Turner Syndrome
Wntアゴニストのカイロン
下流のBrachyury (T)という転写因子
最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文
bioRxivに最初に出た論文
とその数日後にアップロードされた競合論文 その1 2 3 4
の出版論文としての結果 1 2 3 4
最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7
10x
sci-RNA-seq3
Smart-seq3
Wei Yangさん(Jayラボメンバーページ)
マーカージーンをGPTに入れると予測してくる
Mappingする方法
UMAPのco-embedding
Foundation modelを作っていく例
今村さん
とやっていたgene regulation
Zygotic genome activation
精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構
残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する?(pdf)
父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない
ダーウィン vs ルイセンコ
iPSで精子作成している例
減数分裂?に関するプレプリント パキテンで止まっている
山中論文は24から4へ
卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。
卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2
卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2
不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合
Polony Sequencing
最近宇宙とか言ってる
I-5: 東海岸を縦に貫く道路
At the Helm: Leading Your Laboratory
Westlake University
前回の政権でのES細胞についてのポリシー:新しい株は作れない
ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった
培養ニューロンにゲームさせてる論文
Retinaからのprojectionを再現
ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー
Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文
海馬とTransformerの関連を議論した論文
目の実装、イカとの違い
流行ウイルス予測の研究
エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2
臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬)
Anhedoniaの論文
加齢と記憶力、最近出た
Bipolarのモデルマウスを作るような研究
小頭症オルガノイド
Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま
4因子発現による若返りベンチャー 1 2
Seattle Hub for Synthetic Biology
Cole Trapnell lab
冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文
発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎)
“早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩)
ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)
--------
3:29:09
#83 Emo
ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録)
Show Notes (番組HP):
UW medのハーフマラソン
村上春樹のエッセイ
腸脛靭帯炎
ボストンマラソンのエントリー基準
Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩)
萩原(暫定)おすすめデカフ1: Sightglass Coffee
萩原(暫定)おすすめデカフ2:Linea Coffee
宮脇おすすめKarma Coffee
V60
手で押すタイプのエスプレッソマシン
アーロンチェア
Sayl
Logitechの575
Mx Ergo S
Logitech Lift
エレコムのベアリングトラックボールマウス 日本では謎に高い
NIH Armamentarium
NatureでもBluesky移行の記事が出ていた
Nikolas KaralisによるBluesky移行ガイド
NeuroRadioのBlueskyアカウント
American Football
Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです
Hiatus Kaiyote - Red Room
Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room
Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit
Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard
Darkside
Tyler, the Creator
Kendrick LamarとSZA
トム・ヨークのツアー
観光客に成り下がっている写真
The Smile
論文紹介パート
論文1:Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons
Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました)
Richard Palmiter
ポスドクにおける仕事
先に出たリソース論文の仕事
五十嵐さんが最初に出たとき
Synapto pHluorine
GabaとDopamineが一緒に放出されるケース
Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ
Plateau Potential
NNに出てた呼吸の論文
論文2:Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles
Paul Blainey
ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics
Exosomeを使ったケースについてのレビュー
Gil Westmeyerラボから同じ時期に出た類似プレプリント
CellNet
CROP-seq
Evan Macosko
Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗
最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング
Jerzy Szablowski
論文3:Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum
Sabatiniラボ
ケータイのラボからのプレプリント
GRAB
今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと
Robert Datta
MoSeq
Tail of Striatumのaversive stimulus coding
Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩く
この前のSaunders
ポスドクのときにいたJanakラボ
似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい
RealTimeLinux
Editorial Notes:
ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原)
このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)